fr:manuel_reference:methode_micro:verif_habby

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fr:manuel_reference:methode_micro:verif_habby [2021/11/29 14:28] ylecoarerfr:manuel_reference:methode_micro:verif_habby [2021/12/02 10:48] () ylecoarer
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 Nous allons ici contrôler la mise en œuvre de la méthode des microhabitats dans le cas de l'utilisation d'un modèle hydraulique 2D. Nous allons ici contrôler la mise en œuvre de la méthode des microhabitats dans le cas de l'utilisation d'un modèle hydraulique 2D.
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 +==== Les calculs d'habitat d'HABBY ====
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 Le cas classique consiste à utiliser pour une espèce de poisson et pour un stade biologique un jeu de 3 courbes de préférences pour les variables hauteur d'eau, vitesse moyenne et substrat (H,V,S). Le cas classique consiste à utiliser pour une espèce de poisson et pour un stade biologique un jeu de 3 courbes de préférences pour les variables hauteur d'eau, vitesse moyenne et substrat (H,V,S).
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 Pour une variable donnée, et pour des valeurs discrètes de celle-ci, le modèle biologique fourni des préférences SI à valeur entre 0 et 1, qualifiant 'la préférence' du poisson, la courbe de préférence est ainsi construite. Pour une variable donnée, et pour des valeurs discrètes de celle-ci, le modèle biologique fourni des préférences SI à valeur entre 0 et 1, qualifiant 'la préférence' du poisson, la courbe de préférence est ainsi construite.
  
-L'équation (1) permet de calculer la valeur d'habitat  $\mathit{HSI_i}$ dans une maille d'indice i  et d'aire Ai d'une modélisation hydraulique, à partir des valeurs moyennes des variables (H,V,S) de cette maille notés  $\mathit{H_i,V_i,S_i}$.+L'équation (1) permet de calculer selon les options de calcul utilisateur la valeur d'habitat  $\mathit{HSI_i}$ dans une maille d'indice i  et d'aire Ai d'une modélisation hydraulique, à partir des valeurs moyennes des variables (H,V,S) de cette maille notés  $\mathit{H_i,V_i,S_i}$. 
 + 
 +(1_a) \[HSI_i=SI_H(H_i)\times SI_V(V_i)\times SI_S(S_i)\] 
 +(1_b) \[HSI_i=(SI_H(H_i)\times SI_V(V_i)\times SI_S(S_i))^\frac{1}{3}\] 
 +(1_c) \[HSI_i=\frac{SI_H(H_i)+ SI_V(V_i)+ SI_S(S_i)}{3}\] 
 + 
 +Dans le cas ou l'utilisateur décide de n'utiliser que deux variables par exemple (H,V), ces équations sont adaptées dans HABBY et deviennent :  
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 +(1_a2) \[HSI_i=SI_H(H_i)\times SI_V(V_i)\] 
 +(1_b2) \[HSI_i=(SI_H(H_i)\times SI_V(V_i))^\frac{1}{2}\] 
 +(1_c2) \[HSI_i=\frac{SI_H(H_i)+ SI_V(V_i)}{2}\] 
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 +Les logiques (a) produit, (b) moyenne géométrique et (c) moyenne sont respectées. 
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 +Dans le cas ou le modèle biologique est bivarié (H,V) l'équation (1) s'écrit : 
 + 
 +(1_biv) \[HSI_i=SI_{H,V}(H_i,V_i)\] 
 + 
 + 
 +La surface pondérée utile WUA de la modélisation hydraulique s'obtient à l'aide de l'équation (2) et la valeur globale d'habitat OSI à partir de l'équation (3) 
  
-(1) \[HSI_i=SI_H(H_i)\times SI_V(V_i)\times SI_S(S_i)\] 
 (2) \[WUA=\sum_{i=1}^M A_i\times HSI_i\] (2) \[WUA=\sum_{i=1}^M A_i\times HSI_i\]
 (3) \[OSI=\frac{WUA}{\sum_{i=1}^M A_i}\] (3) \[OSI=\frac{WUA}{\sum_{i=1}^M A_i}\]
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 +Notons que dans le cas particulier d'une description du substrat en pourcentages par classes  $\mathit{S_k}$ et d'un calcul d'habitat en % de substrat la valeur de $\mathit{SI_S(S_i)}$  dans l'équation (1) doit être remplacée par la formulation de  l'équation (4). Dans cette équation   $\mathit{S_{i,k}}$ représente le % de substrat de la classe  $\mathit{S_k}$ dans la maille i, le substrat étant décrit par un nombre K de classes granulométriques k ∈ $\mathit{[1,K]_N}$.
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 (4) \[{SI_{i,S}(S_{i,1},S_{i,2},..S_{i,K})}=\frac{\sum_{k=1}^K S_{i,k}\times SI_S(S_k)}{100} \] (4) \[{SI_{i,S}(S_{i,1},S_{i,2},..S_{i,K})}=\frac{\sum_{k=1}^K S_{i,k}\times SI_S(S_k)}{100} \]
  
-La surface pondérée utile WUA de la modélisation hydraulique s'obtient à l'aide de l'équation (2) et la valeur globale d'habitat OSI à partir de l'équation (3)  
  
-Notons que dans le cas particulier d'une description du substrat en pourcentages par classes  $\mathit{S_k}$ et d'un calcul d'habitat en % de substrat la valeur de $\mathit{SI_S(S_i)}$  dans l'équation (1) doit être remplacée par la formulation de  l'équation (4). Dans cette équation   $\mathit{S_{i,k}}$ représente le % de substrat de la classe  $\mathit{S_k}$ dans la maille i, le substrat étant décrit par un nombre K de classes granulométriques k ∈ $\mathit{[1,K]_N}$.+==== Vérifions maintenant un calcul de HSI dans une maille quelconque d'une modélisation hydraulique====
  
-Vérifions maintenant un calcul de HSI dans une maille quelconque d'une modélisation hydraulique. 
  
 Après avoir construit un fichier .hab avec HABBY, choisissez un modèle biologique pour un stade, utilisez le bouton <hi #9BFFFF>**Créer un doublon à partir de la sélection**</hi> pour obtenir 4 fois ce modèle. Puis réglez les options de calcul, pour avoir non seulement le calcul pour les 3 variables d'habitat, mais aussi un calcul par variable. Après avoir construit un fichier .hab avec HABBY, choisissez un modèle biologique pour un stade, utilisez le bouton <hi #9BFFFF>**Créer un doublon à partir de la sélection**</hi> pour obtenir 4 fois ce modèle. Puis réglez les options de calcul, pour avoir non seulement le calcul pour les 3 variables d'habitat, mais aussi un calcul par variable.
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   * Utilisez MAJ+clic sur {{:wiki:see_project.png?30|}} : pour ouvrir le répertoire d’installation d’HABBY.   * Utilisez MAJ+clic sur {{:wiki:see_project.png?30|}} : pour ouvrir le répertoire d’installation d’HABBY.
   *  Allez dans le répertoire \habby\biology\models et ouvrez le modèle biologique .XML à l'aide d'un browser (Firefox, Chrome,...) ou d'un éditeur de texte comme Notepad++.   *  Allez dans le répertoire \habby\biology\models et ouvrez le modèle biologique .XML à l'aide d'un browser (Firefox, Chrome,...) ou d'un éditeur de texte comme Notepad++.
-  * Identifiez le stade et les valeur définissant les courbes (H,V,S) par exemple pour la hauteur d'eau d'un stade adulte :+  * Identifiez le stade et les valeur définissant les courbes (H,V,S)par exemple pour la hauteur d'eau d'un stade adulte :
     <Stage Type="adult">     <Stage Type="adult">
       <PreferenceHeightOfWater>       <PreferenceHeightOfWater>
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 Vérifiez enfin la valeur d'habitat de la maille $\mathit{HSI}$  en utilisant l'équation (1). Vérifiez enfin la valeur d'habitat de la maille $\mathit{HSI}$  en utilisant l'équation (1).
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 +Vous pouvez aussi vérifier les résultats globaux de la simulation hydraulique à partir de la table attributaire du maillage et des équations (2) et (3).
  
 Précisions: Précisions:
  • fr/manuel_reference/methode_micro/verif_habby.txt
  • 2021/12/02 10:48
  • ylecoarer