fr:tutorials:lammi

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fr:tutorials:lammi [2021/11/08 14:23] qroyerfr:tutorials:lammi [2021/12/13 11:01] – [Visualisation des résultats d'habitat] ylecoarer
 9:  9:
   - Le calcul d'habitat sera réalisé.   - Le calcul d'habitat sera réalisé.
   - Les résultats seront ensuite visualisés et exportés.   - Les résultats seront ensuite visualisés et exportés.
 +
 +[[fr:manuel_reference:modeles_1d:modele_hyd:logiciels_hyd:lammi|Manuel de référence : LAMMI]]
  
 ===== Prérequis ===== ===== Prérequis =====
  
   * Installer HABBY.   * Installer HABBY.
-  * Télécharger et extraire les fichiers d'exemple d'hydraulique et de substrat :+  * Télécharger et extraire les fichiers d'exemple LAMMI :
     * {{wiki:tuto_lammi_example_data.zip}}      * {{wiki:tuto_lammi_example_data.zip}} 
   * Un logiciel de SIG, comme QGIS ou ArcGIS (pour visualisation des exports cartographique).   * Un logiciel de SIG, comme QGIS ou ArcGIS (pour visualisation des exports cartographique).
 22:  24:
  
 ==== Fichiers LAMMI ==== ==== Fichiers LAMMI ====
 +
 +:!: Ces fichiers sont des données EDF et ne peuvent être utilisés que pour les tutoriels d'HABBY. :!:
  
 ^ Fichier(s) utilisé(s) ^ Description ^ ^ Fichier(s) utilisé(s) ^ Description ^
-| simS1F1T1.prn, simS1F1T2.prn, ... | Modélisation LAMMI 1D d'une rivière en tresse à plusieurs débits. Ces fichiers sont des fichiers de résultat de simulation **d'écoulement permanent**. Chaque fichier .prn représente pour chaque débit, la description hydraulique et la description du substrat d'un **profil en travers**. | +| simS1F1T1.prn, simS1F1T2.prn, ... | Modélisation LAMMI 1D d'une rivière en tresse à plusieurs débits. Ces fichiers sont des fichiers de résultat de simulation **d'écoulement permanent**. Chaque fichier .prn représente pour chaque débit, la description hydraulique et la description du substrat d'un **profil en travers**. Ces fichiers doivent être impérativement dans le même répertoire que le fichier suivant 'Transect.txt'. | 
-| Transect.txt | Le fichier Transect.txt permet de relier chaque **profil en travers** pour créer un **tronçon**. |+| Transect.txt | Le fichier Transect.txt permet de relier chaque **profil en travers** pour créer un **tronçon**. Ce fichier doit être impérativement dans le même répertoire que les fichiers précédents 'simS1F1T1.prn, simS1F1T2.prn, ...'. |
 | discharge_chronicle.txt | Chronique de débit utilisée avec l'outil d'interpolation d'HABBY (facultatif pour le calcul d'habitat). | | discharge_chronicle.txt | Chronique de débit utilisée avec l'outil d'interpolation d'HABBY (facultatif pour le calcul d'habitat). |
  
 64:  68:
     * <hi #9BFFFF>**Données aux noeuds**</hi> : //'elevation, water depth, water velocity'//     * <hi #9BFFFF>**Données aux noeuds**</hi> : //'elevation, water depth, water velocity'//
     * <hi #9BFFFF>**Code EPSG**</hi> : //'Unknown'//     * <hi #9BFFFF>**Code EPSG**</hi> : //'Unknown'//
-    * <hi #9BFFFF>**Nom de fichier .hyd**</hi> : //'NesteOueilStation.hab'//+    * <hi #9BFFFF>**Nom de fichier .hyd**</hi> : //'Tuto_LAMMI.hab'//
  
   * Si ces informations sont valides, vous pouvez lancer le calcul en appuyant sur le bouton <hi #47B5E6>**[Créer 1 fichier .hab]**</hi>.   * Si ces informations sont valides, vous pouvez lancer le calcul en appuyant sur le bouton <hi #47B5E6>**[Créer 1 fichier .hab]**</hi>.
  
-Une fois le processus terminé, un fichier 'NesteOueilStation.hab' est créé.+Une fois le processus terminé, un fichier 'Tuto_LAMMI.hab' est créé.
  
 ==== Calcul d'habitat ==== ==== Calcul d'habitat ====
  
   * Ouvrez l'onglet <hi #9BFFFF>**Calc. Habitat**</hi>.   * Ouvrez l'onglet <hi #9BFFFF>**Calc. Habitat**</hi>.
-  * Vérifiez pour <hi #9BFFFF>**Fichier(s) d'habitat**</hi> que le fichier //'NesteOueilStation.hab'// est bien sélectionné.+  * Vérifiez pour <hi #9BFFFF>**Fichier(s) d'habitat**</hi> que le fichier //'Tuto_LAMMI.hab'// est bien sélectionné.
   * Pour ajouter des modèles biologiques à calculer, cliquez sur le bouton <hi #9BFFFF>**[Ajouter des modèles]**</hi>.   * Pour ajouter des modèles biologiques à calculer, cliquez sur le bouton <hi #9BFFFF>**[Ajouter des modèles]**</hi>.
  
 98:  102:
   * Vous pouvez maintenant lancer le calcul d'habitat pour le barbeau fluviatile adulte avec le bouton <hi #47B5E6>**[Calcul habitat]**</hi>.   * Vous pouvez maintenant lancer le calcul d'habitat pour le barbeau fluviatile adulte avec le bouton <hi #47B5E6>**[Calcul habitat]**</hi>.
  
-Une fois le processus terminé, le résultat du modèle 'BAF01_adult_HV_Dominant' a été ajouté au fichier 'NesteOueilStation.hab'. Par défaut, à chaque calcul, le fichier de résultat de calcul d'habitat texte est créé : 'NesteOueilStation_spu.txt' décrivant les valeurs d'habitat et les surface pondérées utiles du barbeau fluviatile adulte pour chaque débit simulé.+Une fois le processus terminé, le résultat du modèle 'BAF01_adult_HV_Dominant' a été ajouté au fichier 'Tuto_LAMMI.hab'. Par défaut, à chaque calcul, le fichier de résultat de calcul d'habitat texte est créé : 'Tuto_LAMMI_wua.txt' décrivant les valeurs d'habitat et les surface pondérées utiles du barbeau fluviatile adulte pour chaque débit simulé. Ce dernier est directement visualisable dans un éditeur de texte ou dans un tableur.
  
 Vous avez la possibilité de visualiser les résultats en détail, soit via les figures ou soit via les exports de l'[[fr:guide_utilisateur:modeles_2d:data_explorer|explorateur de données]].  Vous avez la possibilité de visualiser les résultats en détail, soit via les figures ou soit via les exports de l'[[fr:guide_utilisateur:modeles_2d:data_explorer|explorateur de données]]. 
 127:  131:
  
   * Dans l'onglet <hi #9BFFFF>**Explorateur de données**</hi>, pour <hi #9BFFFF>**types de fichier**</hi>, sélectionnez //'habitat'//.   * Dans l'onglet <hi #9BFFFF>**Explorateur de données**</hi>, pour <hi #9BFFFF>**types de fichier**</hi>, sélectionnez //'habitat'//.
-  * Dans la liste de <hi #9BFFFF>**Nom de fichier**</hi>, sélectionnez le fichier //'NesteOueilStation.hab'//.+  * Dans la liste de <hi #9BFFFF>**Nom de fichier**</hi>, sélectionnez le fichier //'Tuto_LAMMI.hab'//.
   * Ouvrir le groupe <hi #9BFFFF>**Visualisateur/exporteur de figure**</hi> en cliquant sur son nom.   * Ouvrir le groupe <hi #9BFFFF>**Visualisateur/exporteur de figure**</hi> en cliquant sur son nom.
  
 134:  138:
   * Dans ce groupe <hi #9BFFFF>**Visualisateur/exporteur de figure**</hi>, choisir :   * Dans ce groupe <hi #9BFFFF>**Visualisateur/exporteur de figure**</hi>, choisir :
     * <hi #9BFFFF>**tronçon(s)**</hi> : //'Unknown'//     * <hi #9BFFFF>**tronçon(s)**</hi> : //'Unknown'//
-    * <hi #9BFFFF>**discharge [m<sup>3</sup>/s]**</hi></hi> : //'74.7'//+    * <hi #9BFFFF>**discharge [m<sup>3</sup>/s]**</hi></hi> : //'1.00'//
     * <hi #9BFFFF>**variables aux mailles**</hi> : //'BAF01_adult_HV_Dominant'//     * <hi #9BFFFF>**variables aux mailles**</hi> : //'BAF01_adult_HV_Dominant'//
     * Options de figure :     * Options de figure :
 150:  154:
  
   * Dans ce groupe <hi #9BFFFF>**Visualisateur/exporteur de figure**</hi>, choisir :   * Dans ce groupe <hi #9BFFFF>**Visualisateur/exporteur de figure**</hi>, choisir :
-    * <hi #9BFFFF>**tronçon(s)**</hi> : //'Tronçon D'//.  +    * <hi #9BFFFF>**tronçon(s)**</hi> : //'Unknown'//.  
-    * <hi #9BFFFF>**discharge [m<sup>3</sup>/s]**</hi></hi> : tous les débits (de //'0.50'// à //'1.50'//). +    * <hi #9BFFFF>**discharge [m<sup>3</sup>/s]**</hi></hi> : tous les débits (de //'0.10'// à //'1.50'//). 
     * <hi #9BFFFF>**variables aux mailles**</hi> : //'BAF01_adult_HV_Dominant'//     * <hi #9BFFFF>**variables aux mailles**</hi> : //'BAF01_adult_HV_Dominant'//
     * Options de figure :     * Options de figure :
 167:  171:
  
 Dans l'onglet <hi #9BFFFF>**Explorateur de données**</hi>, pour <hi #9BFFFF>**types de fichier**</hi>, vérifier que //'habitat'// est bien sélectionné. Dans l'onglet <hi #9BFFFF>**Explorateur de données**</hi>, pour <hi #9BFFFF>**types de fichier**</hi>, vérifier que //'habitat'// est bien sélectionné.
-  * Dans la liste de <hi #9BFFFF>**Nom de fichier**</hi>, vérifier que le fichier //'NesteOueilStation.habb'// est bien sélectionné.+  * Dans la liste de <hi #9BFFFF>**Nom de fichier**</hi>, vérifier que le fichier //'Tuto_LAMMI.habb'// est bien sélectionné.
   * De préférence, fermez le groupe <hi #9BFFFF>**Visualisateur/exporteur de figure**</hi>.   * De préférence, fermez le groupe <hi #9BFFFF>**Visualisateur/exporteur de figure**</hi>.
   * Ouvrir le groupe <hi #9BFFFF>**Exporteur de données**</hi> en cliquant sur son nom.   * Ouvrir le groupe <hi #9BFFFF>**Exporteur de données**</hi> en cliquant sur son nom.
   * Cochez les élements suivants :   * Cochez les élements suivants :
     * <hi #9BFFFF>**Geopackage (.gpkg) Maillage par unités**</hi>     * <hi #9BFFFF>**Geopackage (.gpkg) Maillage par unités**</hi>
-    * <hi #9BFFFF>**3D (.slt) Maillage du modèle complet**</hi> (MNT) 
     * <hi #9BFFFF>**3D (.pvd, .vtu) Maillage par unités**</hi>     * <hi #9BFFFF>**3D (.pvd, .vtu) Maillage par unités**</hi>
     * <hi #9BFFFF>**TXT (.txt) Maillage détaillé**</hi>     * <hi #9BFFFF>**TXT (.txt) Maillage détaillé**</hi>
 184:  187:
 __SIG__ __SIG__
  
-Dans un premier temps, nous allons nous intéresser aux exports <hi #9BFFFF>**Geopackage (.gpkg) Maillage par unités**</hi>, soit le fichier  'NesteOueilStation_unknown_mesh.gpkg'.+Dans un premier temps, nous allons nous intéresser aux exports <hi #9BFFFF>**Geopackage (.gpkg) Maillage par unités**</hi>, soit le fichier  'Tuto_LAMMI_unknown_mesh.gpkg'.
  
-  * Ouvrir ce fichier 'NesteOueilStation_unknown_mesh.gpkg' présent dans le répertoire du projet ('...\Tuto_LAMMI\output\GIS') dans votre logiciel SIG. +  * Ouvrir ce fichier 'Tuto_LAMMI_unknown_mesh.gpkg' présent dans le répertoire du projet ('...\Tuto_LAMMI\output\GIS') dans votre logiciel SIG. 
  
 Ce fichier Géopackage contient plusieurs couches (équivalente chacune à une fichier de type Shapefile). Soit une couche de polygones triangulaires (données aux mailles) pour chaque débit. Ce fichier Géopackage contient plusieurs couches (équivalente chacune à une fichier de type Shapefile). Soit une couche de polygones triangulaires (données aux mailles) pour chaque débit.
 196:  199:
 __3D__ __3D__
  
-Dans un second temps, nous allons nous intéresser aux exports <hi #9BFFFF>**3D (.stl) Maillage du modèle complet**</hi>, soit le fichier  'NesteOueilStation_unknown_unit_all_wholeprofile_mesh.stl'. Ce fichier 3D .stl (stéréolithographie) représente le modèle numérique de terrain du cours d'eau en 3 dimensions. +Dans un second temps, nous allons nous intéresser aux exports <hi #9BFFFF>**3D (.pvd, .vtu) Maillage par unités**</hi>, soit : 
- +  * le fichier 'Tuto_LAMMI_unknown_water level.pvd'.  
-  * Ouvrir ce fichier présent dans le répertoire du projet ('...\Tuto_LAMMI\output\3D') dans le logiciel Paraview, à l'aide d'un glisser-déposer.  +  * les fichiers 'Tuto_LAMMI_unknown_XXXX_water level.vtu'.
- +
-  * Afficher la couche en cliquant sur l’icône {{:wiki:paraview_icon.png?20|}} à gauche du nom de fichier. +
- +
-Dans un troisième temps, nous allons nous intéresser aux exports <hi #9BFFFF>**3D (.pvd, .vtu) Maillage par unités**</hi>, soit : +
-  * le fichier 'NesteOueilStation_unknown_water level.pvd'.  +
-  * les fichiers 'NesteOueilStation_unknown_XXXX_water level.vtu'.+
  
 Ensemble, ces fichiers 3D .pvd et .vtu représentent le niveau d'eau en 3 dimensions pour chaque unité.  Ensemble, ces fichiers 3D .pvd et .vtu représentent le niveau d'eau en 3 dimensions pour chaque unité. 
  
-  * Ajoutez le fichier 'NesteOueilStation_unknown_water level.pvd' dans le logiciel Paraview, à l'aide d'un glisser-déposer. +  * Ajoutez le fichier 'Tuto_LAMMI_unknown_water level.pvd' dans le logiciel Paraview, à l'aide d'un glisser-déposer. 
   * Affichez le avec {{:wiki:paraview_icon.png?20|}}.   * Affichez le avec {{:wiki:paraview_icon.png?20|}}.
   * Dans l'onglet 'Properties' puis le sous-onglet 'Display' de la couche du fichier .pvd, choisir pour 'Coloring' : 'BAF01_adult_HV_Dominant' pour afficher la coloration de l'habitat du Barbeau.   * Dans l'onglet 'Properties' puis le sous-onglet 'Display' de la couche du fichier .pvd, choisir pour 'Coloring' : 'BAF01_adult_HV_Dominant' pour afficher la coloration de l'habitat du Barbeau.
 218:  215:
  
 Pour finir, nous allons nous intéresser aux exports TXT présents dans le répertoire du projet '...\Tuto_LAMMI\output\text', soit : Pour finir, nous allons nous intéresser aux exports TXT présents dans le répertoire du projet '...\Tuto_LAMMI\output\text', soit :
-  * 'NesteOueilStation_spu.txt' : chronique d'habitat exportée à chaque calcul. +  * 'Tuto_LAMMI_spu.txt' : chronique d'habitat exportée à chaque calcul. 
-  * 'NesteOueilStation_unknown_XXXX_detailled_mesh.txt' : données aux mailles par unité, exportée manuellement.+  * 'Tuto_LAMMI_unknown_XXXX_detailled_mesh.txt' : données aux mailles par unité, exportée manuellement.
  
 Ces derniers sont directement utilisables dans un tableur par glisser-déposer. Ces derniers sont directement utilisables dans un tableur par glisser-déposer.
 237:  234:
  
   * Cliquez sur le groupe <hi #9BFFFF>**Données disponibles**</hi> pour l'ouvrir.   * Cliquez sur le groupe <hi #9BFFFF>**Données disponibles**</hi> pour l'ouvrir.
-  * Sélectionnez le fichier d'habitat //'NesteOueilStation.hab'//.+  * Sélectionnez le fichier d'habitat //'Tuto_LAMMI.hab'//.
   * Vérifiez que le //'Tronçon D'// est bien sélectionné.   * Vérifiez que le //'Tronçon D'// est bien sélectionné.
   * Vérifiez que le //'BAF01_adult_HV_Dominant'// est bien sélectionné.   * Vérifiez que le //'BAF01_adult_HV_Dominant'// est bien sélectionné.
 247:  244:
   * Si nécessaire, fermer le groupe <hi #9BFFFF>**Données disponibles**</hi>.   * Si nécessaire, fermer le groupe <hi #9BFFFF>**Données disponibles**</hi>.
   * Cliquez sur le groupe <hi #9BFFFF>**Données souhaitées**</hi> pour l'ouvrir.   * Cliquez sur le groupe <hi #9BFFFF>**Données souhaitées**</hi> pour l'ouvrir.
-  * Sélectionnez le fichier de chronique de débit //'discharge_chronicle.txt'// avec le bouton <hi #47B5E6>**[Charger et lancer]**</hi> du groupe <hi #9BFFFF>**à partir d'un fichier .txt**</hi>.+  * Sélectionnez le fichier de chronique de débit préalablement téléchargé //'discharge_chronicle.txt'// avec le bouton <hi #47B5E6>**[Charger et lancer]**</hi> du groupe <hi #9BFFFF>**à partir d'un fichier .txt**</hi>.
  
 Les résultats interpolés sont alors affichés dans le groupe <hi #9BFFFF>**Résultats interpolés**</hi>. Les résultats interpolés sont alors affichés dans le groupe <hi #9BFFFF>**Résultats interpolés**</hi>.
 255:  252:
   * Si nécessaire, fermer le groupe <hi #9BFFFF>**Données souhaitées**</hi>.   * Si nécessaire, fermer le groupe <hi #9BFFFF>**Données souhaitées**</hi>.
   * Si nécessaire, cliquez sur le groupe <hi #9BFFFF>**Résultats interpolés**</hi> pour l'ouvrir.   * Si nécessaire, cliquez sur le groupe <hi #9BFFFF>**Résultats interpolés**</hi> pour l'ouvrir.
- 
   * Cliquez sur le bouton de <hi #47B5E6>**[Lancer]**</hi> de <hi #9BFFFF>**Afficher la chronique interpolée :**</hi> pour afficher la chronique interpolée.   * Cliquez sur le bouton de <hi #47B5E6>**[Lancer]**</hi> de <hi #9BFFFF>**Afficher la chronique interpolée :**</hi> pour afficher la chronique interpolée.
 +  * Cliquez sur le bouton de <hi #47B5E6>**[Lancer]**</hi> de <hi #9BFFFF>**Exporter la chronique interpolée :**</hi> pour afficher la chronique interpolée en fichier TXT.
  
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  • 2021/12/13 11:11
  • ylecoarer